La Parrocchia non ha una precisa data di fondazione. Si presume che Lonate fosse già Parrocchia all'inizio del secondo millennio. In un documento datato 7 aprile 1144 infatti, si parla di una donazione alla chiesa di San Pietro (più comunemente conosciuta come la chiesa del "Consacrato") fatta da un certo Bonifacio, figlio del fu Enrico di Caidate per "la celebrazione di uffici" dopo la sua morte a suffragio della sua anima.Certamente la Parrocchia è già fondata nel 1398 in quanto è menzionata nel "Notitia Cleri Mediolanensi" dove sono registrate le tasse che le parrocchie versano alla Curia Arcivescovile in rapporto ai loro beni.La si ritrova nuovamente menzionata nel "Liber Seminari Mediolanensi" del 1564 sempre per il medesimo motivo; in questo documento compare che la Chiesa di Lonate Ceppino ha assunto il nome di San Pietro e Paolo.Il 29 luglio 1570 San Carlo Borromeo in visita pastorale alla parrocchia, ordina una serie di opere da eseguire alla chiesa che portano ad abbellirla e a completarla.Un ulteriore restauro viene eseguito nel 1793 e all'inizio del 1901, mentre è parroco don Cesare Borgomanero, avviene la visita del beato Cardinal Andrea Carlo Ferrari.La Chiesa del "Consacrato" all'inizio del 1900 incomincia a essere insufficiente per l'accresciuta popolazione. Si pensa prima al suo ampliamento, ma, dopo varie peripezie e proposte, si decide la costruzione di un'altra chiesa.Sul progetto dell'architetto Ugo Zanchetta viene pertanto eretta la nuova parrocchiale che un altro beato, il Cardinal Ildefonso Schuster, consacra il 18 novembre 1933 dedicandola ai santi Apostoli Pietro e Paolo, mentre è parroco don Angelo Tettamanzi del quale i parrocchiani lonatesi conservano un'affettuosa memoria.Un'altra chiesa cara ai lonatesi è quella che va sotto il nome della "Maduneta": viene fondata il 15 agosto 1562 da Matteo e Baldassarre Saporiti.La fede e l'attenzione dei parrocchiani la fa oggetto nel tempo di tre restauri: il primo nel 1761, poi nel 1950 in occasione del Giubileo e ancora nel 1963.Per i fedeli di Lonate la chiesa rimane costantemente luogo di culto e di devozione alla Vergine Santissima.